Во 2001 година во Република Македонија имаше вооружен конфликт. Во текот на конфликтот беше потенцирана меѓуетничката компонента, а меѓуверските односи не беа толку видливи, но често беа употребувани за негова ескалација (како што беа напади на цркви/џамии, итн.).

Неколку верски храмови беа уништени, но заради недоволната меѓусебна комуникација, верските заедници и нивните лидери не беа во можност заеднички да излезат со изјави за осуди на ваквото однесување.
Во тој период, имаше обиди за приближување на верските лидери за покревање на заеднички апел за мир (ДЦА партнерите во Македонија, МЦМС, беа вклучени во оваа активност), но беа потребни неколку месеци за да се дојде до заеднички прифатливо решение.
 

Од друга страна, за време на конфликтот од одредени членови на верските заедници беа давани антагонистички изјави во јавноста кои можеа да доведат до уште поголемо разгорување на конфликтот. Непознавањето на религијата на другиот, недостатокот на контакти помеѓу верските заедници (нивното свештенство), како и предрасудите едни кон други се чести причини за ваквото однесување и реакции, кои можат и обично имаат големо влијание кај општата јавност.

Некои изолирани активности, како Меѓуверската конференција во мај 2002 во Скопје, покажа колку малку знаат едни за други, но исто така даде некои примери како може односите да бидат подобрени. Предавања од страна на Деканите на теолошките факултети (и Богословскиот и Исламскиот) на другиот факултет (што се случи за прв пат), претставуваа инспирација за обид да се најде соодветен модел за понатамошни контакти и соработка помеѓу различните верски заедници.

Согледувајќи го овој позитивен пример на разменски предавања помеѓу деканите од двата теолошки факултети, како и потребата од зајакнување и зголемување на знаењата за другите религии кај студентите од Православниот и Исламскиот факултет, МЦМС во соработка со верските заедници ја разви програмата Меѓурелигиска соработка во Македонија. Изборот за работа со пониските нивоа во хиерархијата е направен затоа што се смета дека студентите (теолози) се и идните свештеници, кои би требало да научат како да ги разбираат другите религии и тие знаења да ги пренесуваат на верниците. Програмата е насочена кон иднината, а нејзината методологија треба да даде модели и примери за основна комуникација и меѓусебно разбирање.