Во соработка со верските заедници во Македонија во периодот од 2003 до 2008 година, МЦМС ја спроведуваше програмата Меѓурелигиска соработка во Македонија (МСМ). Програмата беше насочена кон развивање на соработката и дијалогот помеѓу верските заедници и теолошките факултети преку најразлични активности (разменски предавања, посети на теолошки училишта и верски објекти итн.).

Соработката во рамките на програмата МСМ се одвиваше во посредство на МЦМС. Уште од самите почетоци на програмата беа правени напори за преземање на обврските од програмата и нивно насочување кон самите верски заедници, кои во иднина би продолжиле со соработката, директната комуникација и реализација на некои од проектите.

Првиот обид за зајакнување на одржливоста на програмата беше направен во 2004 година, кога во рамките на оваа програма беше поддржано отворањето на Меѓуверскиот инфо и дијалог центар. Инфо и дијалог центарот функционираше на тој начин што во него беа вработени две лица (теолози од Православниот богословски факултет и од Исламскиот теолошки факултет), како и волонтери од верските заедници кои немаат факултети во државата (Католичката црква, Евангелско - методистичката црква и Еврејската заедница).

Инфо центарот беше простор каде што верските заедници ги изложуваа своите публикации и ги претставуваа пред општата јавност, одржуваа дебати, а беа одржани и неколку седници на на ИС на програмата. Овој проект послужи како основа за еден од можните начини на институционализација на Меѓуверскиот совет. Во текот на програмата беа поддржани неколку иницијативи на Меѓурелигискиот совет во Македонија, преку поддршка на нивни трибини и конференции).

Преку проектот Поддршка на МРС во 2008 година беа направени напори да се помогне во нивната конкретна институционалицација, но овој проект беше понатаму адаптиран на потребите на самите верски заедници, бидејќи во тој период МРС и верските лидери дискутираа за структуралните промени во рамките на МРС и начинот на неговото функционирање.

Меѓурелигискиот совет во Македонија е тело формирано од петте верски заедници во Макекдонија (МПЦ, ИВЗ, КЦ ЕМЦ и ЕЗРМ). Претставниците во ова тело се назначени од самите верски заедници. Раководењето со ова тело е ротирачко со мандат од една година. Активностите кои се реализираат во рамките на МРС се однесуваат на развојот на соработката помеѓу овие верски заедници.

Ова тело сеуште нема свое седиште (седниците се одржуваат во рамките просториите на самите верски заедници. Во 2008 година фондацијата Конрад Ајденауер го покрена прашањето околу зајакнувањето и дефинирањето на улогата на МРС. Од оваа средба произлегоа предлози кои се однесуваа на структуралната поставеност на МРС. Меѓутоа по оваа седница сеуште нема дефинирана и утврдена конечна структура на МРС. Оттука преку програмата ќе се направат обиди за поддршка на Инситуционализацијата на МРС.

Целта на програмата Македонија – модел за дијалог помеѓу културите е да го зајакне дијалогот помеѓу различни етнички и верски групи. Специфична цел на програмата е да го зајакне меѓуверскиот дијалог преку поддршка на Меѓуверскиот совет во Македонија.

Цел на проектот е поддршка при институционализацијата на Меѓуверскиот совет во Македонија и зајакнување на нивните капацитети. Целна група се 50-100 претставници и активисти на верските заедници.

Со овој проект се предлага поддршка при институционализацијата на МРС (формулација на нивниот статут и донесувањето на нивните стратешки документи), дефинирање на нивните релации со државните институции и Комисијата за односи со верските заедници, организациска поддршка за функционирањето на МРС, ангажирање на еден претставник од верските заедници кој би бил одговорен за секојдневното функционирање на МРС, како и јакнење на нивните капацитети и испорака на 3 обуки (административно работење, односи со јавноста, мобилизација на фондови).

Проектот ќе резултира со јакнење на дијалогот помеѓу верските заедници преку  институционалиација на МРС, дефинирање и зајакнување на нивната улога во општеството и презентирање на нивните активности пред општата јавност.

Претпоставки кои влијаат и придонесуваат кон проектните резултати се дека: верските заедници и назначените претставници во Меѓурелигискиот Совет ќе покажат интерес за учество на седниците, обуките и произлезените активности од проектот; дека членовите на МРС ќе земат активно учество во планирањето и утврдувањето на надлежностите, а воедно ќе бидат вклучени и верските лидери (кои одлучуваат во изборот на членството)  во овој проект.

Како актуелен ризик на овој проектот може да се согледа моменталната неактивност на Советот, непостоењето официјално контакт лице за соработка. Оваа состојба е привремена и е резултат на покренатите дискусии за промена на структурата во рамките на МРС.

За надминување на ризикот при спроведувањето на овој проект, неопходни се средби со верските лидери со цел да се согледаат нивните планови во однос на МРС и да се поттикнат во однос на донесувањето на нивните одлуки во однос на МРС. Нареден ризик е финансиското учество на МРС (верските заедници) во проектот, кое треба да биде обезбедено до започнувањето на активностите или тие ќе се сведат на досега обезбедените средства.

Временски период на спроведување е 1 март – 30 октомври 2009 година.

Буџетот на проектот е 1,200,000 МКД, од кои МЦМС учествува со 795,000 МКД .